章太炎的政治思想有一个从改良到革命的转变过程。甲午战争以后，维新变法运动兴起，章太炎“与尊清者游”，参加强学会，出任《时务报》撰述，主张“以革政挽革命”。戊戌政变后，章太炎避祸至台湾，后又到日本，经梁启超介绍得识孙中山，“相与谈论救国大计，极为相得”。不过，这时的章太炎还没有转向革命。1900年初，《訄书》初刻本问世，尚有鲜明的改良倾向。庚子事变发生后，帝国主义列强侵略造成的严重的民族危机，终于迫使章太炎走上了反清革命的道路。有三个事例可以作为这个转变的标志：一是反对上海张园“中国议会”及唐才常自立会的“勤王”宗旨，愤然剪除辫发，并发表《解辫发说》一文，以示坚决的反清志向；二是在《国民报》上发表《正仇满论》一文，公开宣扬反满革命思想，严厉地批驳了改良派的保皇主张，正式宣告与改良派决裂；三是大加删订初刻本《訄书》，删除“尊清”改良的文字，增加排满革命的内容。此后，章太炎不遗余力地积极倡言排满革命思想。
1902年，康有为发表《答南北美洲诸华商论中国只可行立宪不可行革命书》和《与同学诸子梁启超等论印度亡国由于各省自立书》，宣扬君主立宪，反对民主革命。这是保皇派对抗革命的一份宣战书。康文一出，保皇党人大肆宣传。他们将其印成小册子，在海外华侨中广为散发，影响颇大。为了从理论上驳斥康有为的保皇论调，并正面阐明革命的历史必然性意义，1903年5月，章太炎写下了针锋相对的《驳康有为论革命书》一文，对康文进行了逐条驳斥。关于满汉关系与“反满”的民族主义问题，康有为认为：汉族长期以来已经与各异族相混而“同化”，中国已经不存在种族差异和民族压迫，满族没有压迫汉族，甚至还与汉人共享政权，因此没有必要进行“反满”的民族革命。章太炎直斥之为“妄言”，他认为满汉根本就没有“同化”，中国的现状是极少数满洲贵族残酷地统治广大汉族人民，所谓“今以满洲五百万人，临制汉族四万万人而有余者，独以腐败之成法愚弄之、锢塞之”，致使“汉人无民权，而满洲有民权，且有贵族之权”，现在是“民族主义之时代”，只有进行“反满”的民族革命，才能建立以汉族为主体的近代民族国家。关于革命与立宪的关系问题，康有为认为：中国有“圣明”的光绪皇帝，可以实行君主立宪；相反，中国民智未开，“公理未明，旧俗俱在”，不能实行革命，而且革命将导致流血，并招致外国的干涉。针对康有为所谓光绪皇帝“圣明”的论调，章太炎厉斥“载湉小丑，未辨菽麦”。他用铁的事实反诘道：既然光绪皇帝如此圣仁英武，“而何以刚毅能挟后力以尼新法，荣禄能造谣诼以耸人心，各督抚累经严旨皆观望而不辨，甚至章京受戮，己亦幽废于瀛台也？”他认为，光绪皇帝其实只是“仁柔寡断之主，汉献、唐昭之俦”，是一个没有任何实权而徒具虚名的傀儡皇帝，只不过是“满洲末造之亡君”而已，不可能依靠他来实行立宪。针对康有为所谓中国民智未开的说法，章太炎认为：“人心之智慧，自竞争而后发生，今日之民智，不必待他事以开之，而但待革命以开之……公理之未明，即以革命明之；旧俗之俱在，即以革命去之。革命非天雄大黄之猛剂，而实补泻兼备之良药矣。”针对康有为所谓革命将导致流血的问题，章太炎认为，革命要流血，立宪也不能免，欧洲各国与日本立宪的历史证明：“使前日无此血战，则后之立宪亦不能成。故知流血成河，死人如麻，为立宪所无可幸免者。”针对康有为所谓“革命将招致外国干涉”的观点，章太炎认为：今日中国革命必然要与外国打交道，也难免招致外人干涉，当年日本“覆幕”革命时也面临类似的形势，但结果并没有出现外国干涉的局面，在中国革命的过程中，“运械之事，势不可无，而乞师之举，不必果有”，结果便是“可以利用外人而不为外人所干涉”，这一点是不必“沾沾多虑”的。总之，章太炎认为，如果不进行反清革命，不彻底推翻清王朝的统治，中国就不可能以独立国家的地位自立于世界。“然则满洲弗逐，而欲士之争自濯磨，民之敌忾效死，以期至乎独立不羁之域，此必不可得之数也。浸微浸衰，亦终为欧、美之奴隶而已矣。”